Спустя многие годы войны с Эггманом Борцы за свободу наконец-то смогли одержать окончательную победу над Эггманом, но безумный ученый не собирался просто так сдаваться.

Он использовал давно припрятанные боеголовки с биологическим оружием, если уж ему суждено было пасть, то он был намерен забрать с собой далеко не одного Мобианца.

К счастью, запуск части боеголовок удалось остановить, другую часть уничтожили на подлете, но чуть меньше половины боеголовок все же достигли цели, обрушив на несчастных Мор невиданной силы.

Сейчас многие оставшиеся города закрылись за высокими стенами, лишь иногда отправляя разведывательные отряды.

Очередную гонку за изумрудами хаоса разбавила гражданская война инопланетных роботов - трансформеров. Пока Соник и компания считают, что смогут так же просто одолеть доктора Эггмана, Автоботы готовятся не вернуться с поля боя в поисках изумрудов хаоса, которые способны спасти их родную планету - Кибертрон.

Шедоу - отважный капитан пиратского корабля, о котором ходит много странных слухов, и не все из них выдумка суеверных моряков. Преследуемый призраками прошлого, однажды он встречает того, кто станет его проводником в мир светлого будущего.