Обещанный мир после поражения Шао Кана не продлился долго. Нападения продолжались, вопреки отказу от притязаний на Земное Царство в случае победы на внеочередном турнире. Во время очередной обороны Соня была взята в плен и рядовая спасательная миссия пошла наперекосяк. Джонни смог спасти её, но они оба застряли в телах гаргулий. Вопреки некоторым неудобствам, они продолжат бороться за безопасность своего мира.