После всех сражений, корабль выходит из под конроля и втягивается в море. Юги и все его друзья попадают в "Мир Виртуальной Реальности" молодого парня по имени Ноа, который, на самом деле, является настоящим сыном Гозабуро Кайбы. Всем героям предстоит сразится с новыми врагами и выбраться оттуда.

Наконец, наступает мирная жизнь для героев после серьезных боев. Но не стоит расслабляться, ведь новые испытания и приключения их ждут:

Сето Кайба раскрыл заговор, бывшего члена совета директоров и его "запирают" в виртуальной игре, которую он и создал. Юги с друзьями отправляются вслед, чтоб спасти его.

После турнира приезжает девочка из Америки за голубоглазым драконом своего дедушки и напрашивается на дуэль. Юги соглашается, чтоб сохранит честь дедушки Сугороку.

Создатель новой игры "DDM" бросает вызов Юги за звание нового "короля игр".

Хеллоуин... Наши герои решили рассказывать страшилки в старшей школе Домино. Только вот их ждет очень необычная ночь с разными странностями, убийствами и криками, а также с привидениями. Смогут ли они пережить эту ночь дня конуна всех святых или нет. Посмотрим.