Опасная организация под названием "Дома" крадут все три карты богов, после чего начинают красть души людей, чтобы возродить своего бога, который послужил разрушению Атлантиса 10 000 лет назад. Чтобы их остановить наши герои: Юги, Джоночи, Сето Кайба и Усаги с Чибиусой объединяют силы с тремя легендарными драконами - Тимеем, Критиасом и Гермесом, а так неким золотым кристаллом, который поможет им. Нашим героям снова предстоит приключение, в котором нужно спасти не только мир дуэльных монстров, но и наш мир.

Баттл-Сити продолжается. И теперь финалисты будут сражаться в небе на дирижабле, который держит путь на остров Алькатрас, где состоится финал и определится победитель и король дуэлей. У каждого свои цели и мечты, но самая главная цель Юги-это вернуть воспоминания, получив карты богов. И в этом ему помогут друзья.

После всех сражений, корабль выходит из под конроля и втягивается в море. Юги и все его друзья попадают в "Мир Виртуальной Реальности" молодого парня по имени Ноа, который, на самом деле, является настоящим сыном Гозабуро Кайбы. Всем героям предстоит сразится с новыми врагами и выбраться оттуда.

Героям предстоит новые приключения и битвы. Юги и Усаги теперь официально вместе. Кайба услышал о картах богах и решает найти и забрать все, чтобы победить Юги. На шею ребятам сваливается девочка откуда не возьмись и представляется как Усаги. Она ищет серебряный кристалл. Услышав о картах богах, Юги узнает, что они связаны с древней легендой и прошлым фараона и Серенити. Теперь героям придется разобраться с новой угрозой в мире.

Наконец, наступает мирная жизнь для героев после серьезных боев. Но не стоит расслабляться, ведь новые испытания и приключения их ждут:

Сето Кайба раскрыл заговор, бывшего члена совета директоров и его "запирают" в виртуальной игре, которую он и создал. Юги с друзьями отправляются вслед, чтоб спасти его.

После турнира приезжает девочка из Америки за голубоглазым драконом своего дедушки и напрашивается на дуэль. Юги соглашается, чтоб сохранит честь дедушки Сугороку.

Создатель новой игры "DDM" бросает вызов Юги за звание нового "короля игр".

Новая альтернативная история объединенная с такими аниме, как Yu-gi-oh! и Сейлормун. Древняя сила проснулась, чтобы уничтожить мир и украсть все, что им дорого. Появления новых врагов, новых препятствий и битв за прошлое и дорогих людей для Муто Юги. И все это связано с артефактами тысячелетия и радужными кристаллами. Что же ждет героев Югио и сейлор воинов? Узнаем в этой истории.

Отношение героев к мышам в холодильниках.

Философия двадцать первого века: стоит ли возобновить общение с давно утерянной подростковой любовью или же признаться в чувствах созданной по образу и подобию этой любви голограмме?

Необъяснимое чувство не иначе как случайно зародилось где-то в области сердца и, укоренившись там за считанные мгновения, начало стремительно разрастаться, что, впрочем, юноша предпочел категорически отрицать. А в голове у него тем временем крутилась на повторе одна и та же мысль — ему придется целовать Сето Кайбу.

Измученный гнетом царской власти народ Египта верит, что молодой фараон сможет достичь небес и, переродившись в солнце, избавит их от многовековых невзгод. Ведомый стремлениями двуличной тени верховный жрец одержим желанием убить своего младшего брата. Заточенная в гареме принцесса далекой страны мечтает вырваться из драгоценной клетки и стать царицей. И лишь тот, кто был рожден в оковах пожизненного рабства знает — скоро в небе Египта засияет вторая луна...