После всех сражений, корабль выходит из под конроля и втягивается в море. Юги и все его друзья попадают в "Мир Виртуальной Реальности" молодого парня по имени Ноа, который, на самом деле, является настоящим сыном Гозабуро Кайбы. Всем героям предстоит сразится с новыми врагами и выбраться оттуда.

Баттл-Сити продолжается. И теперь финалисты будут сражаться в небе на дирижабле, который держит путь на остров Алькатрас, где состоится финал и определится победитель и король дуэлей. У каждого свои цели и мечты, но самая главная цель Юги-это вернуть воспоминания, получив карты богов. И в этом ему помогут друзья.

Героям предстоит новые приключения и битвы. Юги и Усаги теперь официально вместе. Кайба услышал о картах богах и решает найти и забрать все, чтобы победить Юги. На шею ребятам сваливается девочка откуда не возьмись и представляется как Усаги. Она ищет серебряный кристалл. Услышав о картах богах, Юги узнает, что они связаны с древней легендой и прошлым фараона и Серенити. Теперь героям придется разобраться с новой угрозой в мире.

Наконец, наступает мирная жизнь для героев после серьезных боев. Но не стоит расслабляться, ведь новые испытания и приключения их ждут:

Сето Кайба раскрыл заговор, бывшего члена совета директоров и его "запирают" в виртуальной игре, которую он и создал. Юги с друзьями отправляются вслед, чтоб спасти его.

После турнира приезжает девочка из Америки за голубоглазым драконом своего дедушки и напрашивается на дуэль. Юги соглашается, чтоб сохранит честь дедушки Сугороку.

Создатель новой игры "DDM" бросает вызов Юги за звание нового "короля игр".

Новая альтернативная история объединенная с такими аниме, как Yu-gi-oh! и Сейлормун. Древняя сила проснулась, чтобы уничтожить мир и украсть все, что им дорого. Появления новых врагов, новых препятствий и битв за прошлое и дорогих людей для Муто Юги. И все это связано с артефактами тысячелетия и радужными кристаллами. Что же ждет героев Югио и сейлор воинов? Узнаем в этой истории.

Отношение героев к мышам в холодильниках.

Философия двадцать первого века: стоит ли возобновить общение с давно утерянной подростковой любовью или же признаться в чувствах созданной по образу и подобию этой любви голограмме?

Необъяснимое чувство не иначе как случайно зародилось где-то в области сердца и, укоренившись там за считанные мгновения, начало стремительно разрастаться, что, впрочем, юноша предпочел категорически отрицать. А в голове у него тем временем крутилась на повторе одна и та же мысль — ему придется целовать Сето Кайбу.

Измученный гнетом царской власти народ Египта верит, что молодой фараон сможет достичь небес и, переродившись в солнце, избавит их от многовековых невзгод. Ведомый стремлениями двуличной тени верховный жрец одержим желанием убить своего младшего брата. Заточенная в гареме принцесса далекой страны мечтает вырваться из драгоценной клетки и стать царицей. И лишь тот, кто был рожден в оковах пожизненного рабства знает — скоро в небе Египта засияет вторая луна...

— Откуда же ты такая взялась, а, Неферут? Хуже всякого фараона! Ну прямо как наваждение: стоит мне закрыть глаза — и ты уже тут как тут. Куда бы ни пошел, всюду меня преследуешь, что наяву, что в мыслях. Дерзкая, непокорная, царственная вся такая. Словно бы для меня создана... — произносит он одними губами