Баттл-Сити продолжается. И теперь финалисты будут сражаться в небе на дирижабле, который держит путь на остров Алькатрас, где состоится финал и определится победитель и король дуэлей. У каждого свои цели и мечты, но самая главная цель Юги-это вернуть воспоминания, получив карты богов. И в этом ему помогут друзья.

Главный герой Юкей Шон-дуэлянт и игрок авангарда живет сам по себе, наслаждаясь дуэлями. Он никогда не жаловался на свою одинокую жизнь без друзей, пока к нему неожиданно не пришел посланник из другого мира, ищущий помощи по имени Керон. Новая угроза стоит перед миром и только он сможет изменить ход истории, пойдя по своему собственному пути. Новые шесть миров, новые приключения, новые друзья и враги. Что скрывает за собой новый мир Югио и авангарда? Новая история начинается!

Три героя... когда они были командой, но так вышло, что им пришлось разделиться, идя каждый по своему пути. И вот, они снова сталкиваются. Что же их ждёт? Смогут ли они восстановить потерянные узы, столкнувшись с судьбой?