Баттл-Сити продолжается. И теперь финалисты будут сражаться в небе на дирижабле, который держит путь на остров Алькатрас, где состоится финал и определится победитель и король дуэлей. У каждого свои цели и мечты, но самая главная цель Юги-это вернуть воспоминания, получив карты богов. И в этом ему помогут друзья.

Героям предстоит новые приключения и битвы. Юги и Усаги теперь официально вместе. Кайба услышал о картах богах и решает найти и забрать все, чтобы победить Юги. На шею ребятам сваливается девочка откуда не возьмись и представляется как Усаги. Она ищет серебряный кристалл. Услышав о картах богах, Юги узнает, что они связаны с древней легендой и прошлым фараона и Серенити. Теперь героям придется разобраться с новой угрозой в мире.

И теория о том, как один режиссер решил поставить школьный Новогодний спектакль.