Опасная организация под названием "Дома" крадут все три карты богов, после чего начинают красть души людей, чтобы возродить своего бога, который послужил разрушению Атлантиса 10 000 лет назад. Чтобы их остановить наши герои: Юги, Джоночи, Сето Кайба и Усаги с Чибиусой объединяют силы с тремя легендарными драконами - Тимеем, Критиасом и Гермесом, а так неким золотым кристаллом, который поможет им. Нашим героям снова предстоит приключение, в котором нужно спасти не только мир дуэльных монстров, но и наш мир.

Пара необдуманных решений может сломать чью-то жизнь.